ERS 2022: Human Lung Cell Atlas klaar voor gebruik

De geïntegreerde Human Lung Cell Atlas (HLCA) is gereedgekomen. Tijdens ERS 2022 legde dr. Malte Lücken uit hoe deze bron van ruim 2,2 miljoen cellen gebruikt kan worden, bijvoorbeeld om onderzoeksdata snel te analyseren.

De makers van de HLCA hebben 46 afzonderlijke datasets van longcellen geïntegreerd, zodat onderzoekers deze niet meer los hoeven te doorzoeken; hierbij is het belangrijk te controleren of de datasets dezelfde definitie van celtypes hanteerden en rekening te houden met specifieke kenmerken van de onderliggende populaties. Tot dusverre zijn 62 typen immuun-, epitheel-, endotheel- en stromale cellen onderscheiden. De HLCA-kern bevat single-cell-transcriptomicsanalyses (sc-RNAseq) van 584.000 cellen van gezond long- en neusweefsel van 107 mensen uit 14 datasets, waarmee analyses mogelijk zijn die met afzonderlijke datasets niet haalbaar waren, zoals het opsporen van zeer zeldzame celtypen als migratoire dendritische cellen.

Ook kunnen varianten uit genoombrede associatiestudies worden gelinkt aan celtypen die betrokken zijn bij het onderliggende ziektemechanisme, zoals bepaalde varianten die in verband zijn gebracht met subpopulaties fibroblasten, en kan worden bepaald in hoeverre variabelen als leeftijd, geslacht, roken en BMI het transcriptoom van cellen beïnvloeden. De HLCA is voor iedereen beschikbaar als interactief webportal.