DNA-methylering onderscheidt moleculaire subtypes van dikkedarmkanker

DNA-methyleringsmarkers zijn in staat om patiënten met de consensus moleculaire subtypes CMS2 en CMS3 van dikkedarmkanker van elkaar te onderscheiden. Dikkedarmkanker kan worden ingedeeld in vier subtypes (CMS1 tot en met CMS4), wat inzicht geeft in de prognose en kan helpen bij een gerichtere behandeling. De gouden standaard voor deze indeling, op basis van genoombrede RNA-expressiedata, is niet geschikt voor grootschalig gebruik.

Voor CMS1 en CMS4 bestaan al goede alternatieve testen, maar een praktisch toepasbare test voor het onderscheid tussen CMS2 en CMS3 ontbrak. De onderzoekers bestudeerden het DNA-methyleringsprofiel in tumorweefsel van 239 patiënten met stadium 1 tot 3 dikkedarmkanker uit de MATCH-studie, een multicenter observationele cohortstudie in de regio Rotterdam. De CMS-classificatie werd bepaald met RNA-sequencing en de DNA-methylering met de Infinium HumanMethylation450 BeadChip-test, die ruim 450.000 plaatsen in het genoom onderzoekt.

Op basis hiervan ontwikkelden zij predictiemodellen voor de classificatie van CMS2 of CMS3, die zij valideerden in de Cancer Genome Atlas (TCGA), een dataset met gegevens over 274 dikkedarmkankers. Twee verschillende modellen, elk met een panel van 5 tot 15 methyleringsmarkers, konden met een sensitiviteit, specificiteit en accuratesse van ten minste 90% onderscheid maken tussen CMS2 en CMS3. De onderzoekers concluderen dat het mogelijk is een dergelijke test te ontwikkelen.

In combinatie met de bestaande testen voor CMS1 en CMS4 kan dit de evaluatie van de klinische waarde van de CMS-classificatie versnellen en bijdragen aan een meer gerichte behandeling.