ERS 2020 video: Microbiologische patronen bij pleurale infectie vastgesteld met NGS

Onderzoekers uit Oxford ontwikkelden een methodologie om bacterieel DNA te extraheren uit patiënten met een pleurale infectie en gebruikten dit als template om next generation sequencing (NGS) toe te passen, waarbij bleek dat 16S rRNA NGS een robuuste methode biedt om de bacteriologische patronen in het pleuravocht van patiënten met pleurale infectie te onderzoeken. Een pleurale infectie is een veelvoorkomende en complexe ziekte die voor immuungecompromitteerde en oudere patiënten levensbedreigend kan zijn. Door eerder antibioticagebruik en speciale bacteriële voedingsbehoeftes is het lastiger om met de huidige kweekgebaseerde technieken bacteriën nauwkeurig vast te stellen, waardoor de microbiologie van een pleurale infectie onduidelijk blijft.

Met NGS is het wellicht mogelijk de aanwezige bacteriën beter in kaart te brengen. Pleurale vloeistofmonsters, verkregen vanuit de Pleural Infection Longitudinal Outcome Study (PILOT), ondergingen bacteriële DNA-extractie gevolgd door een 16S rRNA NGS-bepaling. Deze analyse toonde dat bij pleurale infecties diverse microbiologische patronen aanwezig kunnen zijn; er werden 391 verschillende pathogenen geïdentificeerd, gekarakteriseerd tot op genusniveau.

In 131 monsters (54%) was één pathogeen aanwezig met een relatieve overvloed van meer dan 50%. In 89 monsters (36%) waren minstens drie pathogenen aanwezig met een relatieve overvloed van meer dan 10%, wat wijst op een polymicrobiële infectie. Streptococcus pneumoniae werd gedetecteerd in 40 monsters (16%) en Staphylococcus aureus in 20 monsters (8%).